Der ehemalige Geheimdienstmitarbeiter Morris Fletcher bittet Reyes und Doggett um Schutz vor seinem derzeitigen Arbeitgeber, der ihn umzubringen versucht. Dafür bietet er dem FBI die Aushändigung einer „Supersoldatin“ namens Yves Adele an. Yves war früher eine Hackerkollegin der drei einsamen Schützen Byers, Langley und Frohike.
Doch die drei glauben Fletcher nicht, da sie ihn als ständigen Lügner kennengelernt haben und versuchen, Yves Adele auf eigene Faust aufzuspüren.
Eine riesige Energiewolke bewegt sich auf die Erde zu. Unter dem Kommando von Captain Kirk soll das Raumschiff „U.S.S. Enterprise“ das gefährliche Phänomen untersuchen.
Die Erde ist in Gefahr, mehrere Raumschiffe und eine Raumstation wurden bereits zerstört. Im Inneren der Wolke scheint sich eine Intelligenz zu befinden, die konkrete Ziele verfolgt.
Der erste Kinofilm der erfolgreichen... Star Trek: Der Film